مهم ترین اهداف و وظایف شورا عبازتند از:
- ایفای نقش مرجع عالی هماهنگی برای اعضاء، جهت ایجاد نظرات نهائی فعالان زعفران ایران و تشکلهای عضو.
- ایفای نقش مرجع نهایی حل اختلاف بین تشکهای عضو و فصل الخطاب موضوعات مورد اختلاف.
- سخنگوی عالی فعالان زعفران ایران و تشکلهای عضو.
- بررسی مسائل و مشکلات کلان و راهبردی موجود و ارائه راهکارهای مشورتی مناسب در تمامی عرصه های مرتبط با زعفران بعنوان بالاترین نماینده فعالان غیردولتی زعفران ایران.
- ایجاد زمینه برای همفکری، هم افزائی و تعامل بین تشکلهای عضو.
- مذاکره، پیگیری و خبر رسانی در مورد تصمیمات متخذه به نمایندگی تمام اعضاء بعنوان بالاترین نماینده فعالان غیردولتی زعفران ایران.
- تاٌمین نیازهای مالی شورا از طریق حق عضویت از اعضاء و جلب کمک سازمانها و شخصیت های حقیقی و حقوقی جهت همکاریهای مالی و اقتصادی.
- انجام اقدامات سلبی و ایجابی برای جلوگیری از فعالیتهای ناسالم در چهارچوب قوانین موضوعه.
- تدوین و اجرای استراتژی مناسب برای ارتقاء جایگاه زعفران ایران.
- عضویت و حضور (یا معرفی) در شوراها، جلسات، کمیسیونها، مراکز تصمیم گیری، اتحادیه ها و سایر تشکلهای مجاز، نشستها و سمینارها برای اعلام نظرات و پیشبرد اهداف شورا بعنوان بالاترین نماینده فعالان غیردولتی زعفران ایران.
- ارتقاء اعتبار و حیثیت اعضاء شورا از طریق ساماندهی و ایجاد روابط مناسب بین واحدهای عضو.
- حمایت از منافع مشترک اعضاء.
- ایجاد برند ملی زعفران.
- تلاش برای تثبیت برند ملی زعفران در بازارهای هدف.
- مشارکت در تصمیم سازیها و تصمیم گیریها و تهیه و تنظیم پیش نویس قوانین و مصوبات مرتبط با تولید و صادرات زعفران و فرآورده های حاصل از آن در جهت حفظ منافع ملی و اعضاء با هماهنگی اتاق ایران برای ارائه به قوای سه گانه.
- ایجاد بانک اطلاعاتی در زمینه های مرتبط با اهداف و وظائف شورای ملی زعفران، فعالیتهای تجاری اعضاء و اطلاع رسانی از طریق ایجاد شبکه اطلاع رسانی، نشر کتب، مجلات و بروشورهای تخصصی.
- تشویق و ترغیب و حمایت از سرمایه گذاری در زمینه تولید، صنعت و تجارت زعفران و فرآورده های حاصل از آن.
- جلوگیری از انجام رقابتهای ناسالم اعضاء در بازارهای هدف صادرات از طریق اعمال ضوابط کمیته انظباطی اتاق ایران و سایر مراجع قانونی مرتبط.
- ارائه مشاوره به وزارتخانه ها و سازمانهای ذیربط در زمینه های مربوطه از جمله نظارت بر فرآیند تولید جهت بهبود و اصلاح ژنتیک پیاز زعفران و کمک به مبارزه با آفات و بیماریها و امور قرنطینه ای.
- اجرای آن دسته از وظایف دولت که به شورا تفویض می شود.
- ارائه پیشنهادهای اجرائی جهت رفع مشکلات تولید و تجارت زعفران و فرآورده های حاصل از آن به نهادها، سازمانها و وزارتخانه های ذیربط و ارسال رونوشت آن به اتاق بازرگانی، صنایع، معادن و کشاورزی ایران.
- برگزاری و یا حضور در نمایشگاه های داخلی و خارجی مرتبط با زعفران.
- کوشش در جهت الزام اعضاء به اجرای صحیح مقررات اقتصادی و رعایت شئون تجاری کشور و مفاد اساسنامه و مقررات و ضوابط شورا.
- برنامه ریزی و پیگیری در جهت بهره مندی بیشتر اعضاء از سیاستهای حمایتی دولت.
- تلاش برای معرفی شورای ملی زعفران، از طریق وزارتخانه های جهاد کشاورزی، صنعت، معدن و تجارت و به رسمیت شناختن این تشکل بعنوان تنها مرجع رسمی بخش خصوصی برای هماهنگی امور و ارتباط.
- انجام فعالیتهای علمی و تحقیقاتی مرتبط با وظایف و ماموریت شورا.
- برگزاری دوره های آموزشی مرتبط با زعفران.